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geo数据库简介【geo数据库差异基因筛选】

2023/1/31 来自于：制图网 点击：79
基于 GEO 和 TCGA 数据库的肝癌早期诊断生物标志物和预后生物标志物鉴定的计算分析以及影响肝癌生存时间的通路和生物功能研究

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Computational analysis for identification of early diagnostic biomarkers and prognostic biomarkers of liver cancer based on GEO and TCGA databases and studies on pathways and biological functions affecting the survival time of liver cancer---基于 GEO 和 TCGA 数据库的肝癌早期诊断生物标志物和预后生物标志物鉴定的计算分析以及影响肝癌生存时间的通路和生物功能研究geo数据库简介【geo数据库差异基因筛选】

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8268589/pdf/12885_2021_Article_8520.pdf

一、数据

GSE25097 TCGA

二、数据分析

1、TCGA和GEO分别进行差异分析，并通过重叠分析筛选关键的共有的基因

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2、差异基因的GO和Reactome通路分析

使用 clusterProfiler 和ReactomePA包进行分析

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3、通过PPI筛选关键的hub基因，使用 102 个 DEG 作为 STRING 的输入来构建 PPI 网络。PPI 网络图被导出到 Cytoscape 。CytoHubba 应用程序插件用于计算度值和其他参数值。以Degree Values

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